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超級計算機XE6:240人基因組分析只需兩天

2018-01-15 來(lái)源:轉化醫學(xué)網(wǎng)  標簽: 掌上醫生 喝茶減肥 一天瘦一斤 安全減肥 cps聯(lián)盟 美容護膚
摘要:基因組的測序費用不僅與測序的精準度有關(guān),還同其速度有很大關(guān)系,超級計算機Beagle當前的測序速度可有望使測序費用進(jìn)一步降低

   最近,來(lái)自美國阿貢國家實(shí)驗室(ArgonneNationalLaboratory)的研究者利用Cray公司生產(chǎn)的XE6的超級電腦進(jìn)行基因組測序,該計算機僅僅需要兩天時(shí)間就可為240人進(jìn)行基因組測序分析。

 
  隨著(zhù)技術(shù)的不斷革新,基因組測序速度也在快速提升。最近,研究者在美國阿貢國家實(shí)驗室(ArgonneNationalLaboratory)利用一臺型號為CrayXE6的超級電腦——Beagle進(jìn)行基因測序分析,僅僅需要兩天時(shí)間就可為240人進(jìn)行基因組測序分析。
 
  在今年的1月14日,Illumina公司將推出HiSeqXTen和NextSeq500兩臺測序儀,有望將全人基因組測序費用降低在1000美元以下。但是人類(lèi)基因組測序時(shí)間長(cháng)這一瓶頸目前仍未突破,通常分析人類(lèi)基因組30億個(gè)堿基對將需要數月之久。
 
  芝加哥大學(xué)的研究人員利用Cray公司生產(chǎn)的超級計算機XE6分析基因測序,其速度大為提高,而且測序的精確度也非??尚?。這為未來(lái)人類(lèi)全基因組測序費用的減低起到重要推動(dòng)作用。
 
  芝加哥大學(xué)心血管遺傳診所的教授ElizabethMcNally稱(chēng):“基因組的測序費用不僅與測序的精準度有關(guān),還同其速度有很大關(guān)系,超級計算機Beagle當前的測序速度可有望使測序費用進(jìn)一步降低。”
 
  除了測序費用的減低外,測序速度的加快,也為基因診斷和遺傳信息篩選提供了一個(gè)有力工具,讓快速提供病人的檢測報告成為可能。
 
  Cray公司的XE6超級計算機,采用了AMD最近推出的Opteron6100系列處理器,可選8核心或12核心型號,每個(gè)機柜最多192顆處理器、1536個(gè)或2304個(gè)核心。整套系統大量機柜組裝在一起,最多可提供上百萬(wàn)個(gè)處理核心。目前,除美國阿貢國家實(shí)驗室利用它進(jìn)行基因測序數據處理外,與Cray公司簽約的還有韓國氣象局、美國能源部國家能源研究科學(xué)計算中心(NERSC)、美國國家核安全局、美國國家海洋和大氣管理局(MOAA)、英國工程和自然科學(xué)研究委員會(huì )(EPSRC)以及美國軍方。
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