圓錐角膜的確切病因不明，目前存在的說(shuō)法：

　　一、遺傳說(shuō)認為圓錐角膜屬于隱性遺傳，但也有些病例可連續二代或三代出現癥狀，對這樣的病例，應考慮是規律或不規律的顯性遺傳。

　　這種理論的擁護者提出，圓錐角膜常合并其他先天異常，也是此病包含有遺傳因素后個(gè)佐證。如視網(wǎng)膜色素變性、藍色鞏膜、無(wú)虹膜、虹膜裂、馬凡氏綜合征、前極白內障、角膜營(yíng)養不良、先天愚型等。

　　二、間質(zhì)發(fā)育障礙說(shuō)此病是由于角膜中央部分抵抗力下降，堅韌茺差，不能抵抗正常的眼內壓所造成的。圓錐角膜不僅僅改變角膜的彎曲度，鞏膜也有明顯的改變。因此他提出，圓錐角膜的病因還應從間質(zhì)發(fā)育不全上去找。

　　三、內分泌紊亂說(shuō)甲狀腺機能減退是發(fā)生圓錐角膜的一個(gè)重要因素，特別強調過(guò)胸腺在圓錐角膜發(fā)生上的作用。

　　四、代謝紊亂說(shuō)檢查了圓錐角膜患者血液內微量元素的改變，發(fā)現鎳的含量明顯下降，鈦、鋁和鉛的含量上升，而錳的含量沒(méi)有變化，他確信血液內微量元素的改變，對疾病的發(fā)生起著(zhù)一定的作用。還發(fā)現在圓錐角膜患者的血液和前房水中，6-磷酸葡萄糖脫氫酶的活性下降，很明顯這種酶活性的下降會(huì )造成谷胱甘肽抗氧化作用機能的不全，引起過(guò)氧化物在體內的堆積，而這種過(guò)氧化物可能就是損害角膜的因子。

　　五、過(guò)敏反應說(shuō)在圓錐角膜病人中，有32.6%患者過(guò)干草熱，有33.3%的過(guò)哮喘，而哮喘在一般居民中的發(fā)病率僅占0.59%。