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基因異構體可更好地預測癌癥患者的生存時(shí)間

2016-06-15 來(lái)源:健客網(wǎng)社區  標簽: 掌上醫生 喝茶減肥 一天瘦一斤 安全減肥 cps聯(lián)盟 美容護膚
摘要:這種新方法使用生物醫學(xué)大數據,分析患者的基因信息,幫助醫生們更準確地預測患者的生存時(shí)間,以及選擇或調整治療方案,以實(shí)現精準醫療。UCLA的研究人員使用該方法進(jìn)行了乳腺癌、腦癌(膠質(zhì)母細胞瘤或低級神經(jīng)膠質(zhì)瘤)、肺癌、卵巢癌和腎癌的精準預測。

  對于一位癌癥患者來(lái)說(shuō),醫生需要預測該患者能生存多久、哪種治療方法更加有效,那么,能否通過(guò)大數據和精準醫療的方法來(lái)提高醫生預測的準確性?最近,加州大學(xué)洛杉磯分校(UCLA)的科學(xué)家們開(kāi)發(fā)了一種新方法,能夠幫助醫生們提高這種預測的準確性。

  這種新方法使用生物醫學(xué)大數據,分析患者的基因信息,幫助醫生們更準確地預測患者的生存時(shí)間,以及選擇或調整治療方案,以實(shí)現精準醫療。UCLA的研究人員使用該方法進(jìn)行了乳腺癌、腦癌(膠質(zhì)母細胞瘤或低級神經(jīng)膠質(zhì)瘤)、肺癌、卵巢癌和腎癌的精準預測。

  該新方法使用癌癥樣本的高通量RNA測序(RNA-seq)數據,分析基因的不同異構體(同一個(gè)基因經(jīng)由選擇性剪接產(chǎn)生的多種RNA和蛋白質(zhì))。利用這種方法,UCLA的研究人員能夠分析不同異構體的比率,尋找基因序列中重要但細微的差別。該方法稱(chēng)為SURVIV(survivalanalysisofmRNAisoformvariation),是第一個(gè)使用RNA-seq數據對癌癥樣本進(jìn)行基因異構體生存分析的統計方法。

 

  研究人員發(fā)現了約200種與乳腺癌患者生存時(shí)間相關(guān)的基因異構體,其中一些預示著(zhù)較長(cháng)的生存時(shí)間,另一些則預示患者的生存時(shí)間較短。利用這些信息,科學(xué)家們可通過(guò)抑制那些與較短生存時(shí)間相關(guān)的基因異構體,從而阻止疾病發(fā)展。

  據稱(chēng),研究人員使用了一種稱(chēng)為C-index的度量標準評估了這些生存預測因子的預后能力,并發(fā)現在6種不同的癌癥類(lèi)型中,這種基于基因異構體的預測比常規使用的基于基因整體豐度的預測準確性更好。

  邢毅表示:“該結果是令人興奮的,一個(gè)人類(lèi)基因通常會(huì )通過(guò)選擇性剪接產(chǎn)生7~10個(gè)異構體。我們的研究結果表明,與基因整體豐度相比,基因異構體的比率是預測癌癥患者生存時(shí)間更為有效的分子標記物”。SURVIV的開(kāi)發(fā)花費了兩年多的時(shí)間,研究人員分析了來(lái)自癌癥基因組圖譜(TCGA)的2,684位癌癥患者的樣本。

  他說(shuō),“在癌癥中,有時(shí)一個(gè)基因產(chǎn)生兩種異構體,其中一個(gè)促進(jìn)癌癥轉移,另一個(gè)抑制轉移。理解這兩種異構體的差異對治療癌癥非常重要。目前,我們的研究剛起步,以后希望把該方法應用到更大的數據集中去,以了解更多的信息,并且開(kāi)發(fā)對于預后和治療方案進(jìn)行有效預測評估的臨床工具。”

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