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Nature遺傳:外顯子測序發(fā)現肺癌新突變

2016-05-11 來(lái)源:健客網(wǎng)社區  標簽: 掌上醫生 喝茶減肥 一天瘦一斤 安全減肥 cps聯(lián)盟 美容護膚
摘要:肺癌是全球最常見(jiàn)的癌癥,死亡數量居首。每年,有超過(guò)500萬(wàn)例肺癌登記,其中85%屬于非小細胞肺癌。這種類(lèi)型的肺癌,主要是由兩個(gè)亞型代表:肺腺癌和肺鱗狀細胞癌。它們可能起源于不同的環(huán)境因素或生物過(guò)程,但吸煙并不總是主要原因。

  最近,來(lái)自美國幾所主要大學(xué)和俄羅斯ITMO大學(xué)的研究人員,在肺癌細胞中發(fā)現了一些新的驅動(dòng)突變(drivermutations),可能用于基因靶向治療和免疫治療。相關(guān)研究結果發(fā)表在最新一期的《NatureGenetics》雜志。

  在這項研究中,研究人員檢查了來(lái)自于兩種最常見(jiàn)肺癌類(lèi)型的1144個(gè)基因組分析譜:肺腺癌和肺鱗狀細胞癌。這項研究的高度統計顯著(zhù)性,可讓研究人員能夠識別影響幾個(gè)蛋白質(zhì)(負責細胞中的信號)的新型驅動(dòng)突變。在這項研究中,科學(xué)家使用統計方法,來(lái)區分驅動(dòng)突變和所謂的過(guò)客突變(passengermutations),這些突變發(fā)生在癌癥的發(fā)展過(guò)程中,但不會(huì )引發(fā)腫瘤生長(cháng)。

  總的來(lái)說(shuō),科學(xué)家們在肺腺癌中發(fā)現了38個(gè)顯著(zhù)突變的基因,在肺鱗狀細胞癌中發(fā)現了20個(gè)突變的基因。然而,只有6個(gè)突變基因在這兩種類(lèi)型腫瘤之間是共享的,從而表明,盡管這兩種類(lèi)型腫瘤出現在相同的器官,但是它們相互之間的區別很明顯。所確定的基因組突變與其他19種癌癥類(lèi)型對比發(fā)現,與肺腺癌相比,肺鱗狀細胞癌更類(lèi)似于頭頸部腫瘤和一小部分膀胱癌。

  另外,這項研究在大多數的肺癌病例中,還確定了幾個(gè)預測的新表位(neoepitopes)——可能被免疫系統識別的蛋白質(zhì)片段,并作為標記來(lái)識別和對抗癌癥。因此,47%的肺腺癌和53%的肺鱗狀細胞癌樣本具有至少5個(gè)預測的neoepitopes,從而指出了一種免疫療法——這種類(lèi)型的治療旨在利用病人自身的免疫系統。

  本文第一作者、麻省理工學(xué)院(MIT)和哈佛大學(xué)布羅德研究所的博士后JoshuaCampbell指出:“我們已經(jīng)確定了幾個(gè)不同的復發(fā)性突變,可能會(huì )被免疫系統識別,因此將是癌癥疫苗強有力的候選者。”

  與化療和放療相比,免疫治療具有潛在的優(yōu)勢,因為原則上它可靶定腫瘤細胞,而避開(kāi)健康細胞。ITMO大學(xué)的研究人員AntonAleksandrov參與了這項免疫學(xué)研究的軟件開(kāi)發(fā),他指出:“免疫系統是高度選擇性的;我們只需要表明我們的有機體,它沒(méi)有注意到真正重要的東西。細胞不斷地給免疫系統提供稱(chēng)為抗原表位的蛋白質(zhì)片段。如果由于某種原因,免疫系統不能捕捉突變蛋白的抗原表位,并錯過(guò)它,就可能出現腫瘤。尋找可被患者免疫系統檢測到的抗原表位,對于癌癥個(gè)性化療法的發(fā)展是至關(guān)重要的。連接到蛋白質(zhì),新表位將促使免疫系統到達需要幫助的地方。”

  以前,研究人員認為,主要的驅動(dòng)突變在肺腺癌和肺鱗狀細胞癌之間是類(lèi)似的。然而,這項新研究表明,潛在的細胞類(lèi)型是一個(gè)關(guān)鍵因素,決定著(zhù)這些突變是否導致細胞增長(cháng)和不受控制地增殖。

  Campbell補充道:“未來(lái)還需要研究確定,是什么允許一個(gè)基因的突變導致了一種類(lèi)型的細胞不受控制的增長(cháng),而不是另一種類(lèi)型的細胞。這些見(jiàn)解將會(huì )讓我們更完整地理解參與腫瘤生長(cháng)的分子途徑,并幫助我們設計出更好的藥物。”

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  肺癌是全球最常見(jiàn)的癌癥,死亡數量居首。每年,有超過(guò)500萬(wàn)例肺癌登記,其中85%屬于非小細胞肺癌。這種類(lèi)型的肺癌,主要是由兩個(gè)亞型代表:肺腺癌和肺鱗狀細胞癌。它們可能起源于不同的環(huán)境因素或生物過(guò)程,但吸煙并不總是主要原因。

  在這項工作中,科學(xué)家也估計了每種腫瘤中來(lái)自于吸煙的突變,在肺腺癌中,發(fā)現一小部分腫瘤具有很少的吸煙相關(guān)突變;這種腫瘤的樣本主要來(lái)自于非吸煙者。這一事實(shí)通過(guò)流行病學(xué)數據得以驗證,從而支持一個(gè)想法:肺癌可能源自吸煙以外的主要因素。

  為了得到關(guān)于“致癌作用的分子機制和免疫治療的適用性”的信息,科學(xué)家使用了外顯子組測序技術(shù)。測序可能涉及“閱讀”我們基因組中的所有核苷酸序列。然而,外顯子組測序,將掃描區域減少到了1%的基因組——包含所有已知的基因,可導致正確閱讀和蛋白質(zhì)合成。據我們所知,通常是外顯子組突變導致了人類(lèi)疾病中的嚴重破壞。

  近幾個(gè)月,肺癌研究領(lǐng)域也相繼報道了一系列的進(jìn)展。今年1月份,在小鼠中開(kāi)展的一項新研究表明,攜帶KRAS相關(guān)基因突變的癌癥患者,可能受益于一種三聯(lián)療法——兩種實(shí)驗藥物加上放射治療。該研究結果發(fā)表在最近的《ClinicalCancerResearch》(華人學(xué)者:抗擊肺癌的三重組合拳)。同期,來(lái)自斯坦福大學(xué)醫學(xué)院的HuibinTang和JosephBShrager在國際學(xué)術(shù)期刊《EMBOMolecularMedicine》發(fā)表一項研究指出,隨著(zhù)CRISPR/Cas技術(shù)的改進(jìn)與成熟,將這種分子手術(shù)方法與傳統手術(shù)、放療和/或TKI治療相結合,將有可能顯著(zhù)提高攜帶EGFR突變的非小細胞肺癌患者的生存率(CRISPR基因編輯助力肺癌治療)。3月份,美國托馬斯杰弗遜大學(xué)SidneyKimmel癌癥中心的研究人員發(fā)現,與正常細胞相比,Nit1在普通肺癌細胞中是顯著(zhù)生產(chǎn)過(guò)剩的,而當Nit1被沉默時(shí),肺腫瘤的生長(cháng)受到抑制。他們的研究結果發(fā)表在《Oncotarget》雜志(沉默一個(gè)基因可抑制肺癌發(fā)展)。

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