新的研究表明，目前系統地基因組分析的方法尚未發(fā)現癌癥患者的腫瘤中某種復雜突變的類(lèi)型。此外，這些復雜的突變和大一部分被發(fā)現于著(zhù)名的癌癥基因中，這些基因可以用現有的藥物治療，有可能擴大癌癥患者受益的數量。
圣路易斯的華盛頓大學(xué)醫學(xué)中心于12月14日在自然醫學(xué)的期刊上發(fā)表了該項研究。
“不捕捉患者的腫瘤靶向突變的想法是具有毀滅性的”資深作者李丁博士，華盛頓大學(xué)基因組研究所的麥克唐奈醫學(xué)助理副教授。“我們開(kāi)發(fā)了一個(gè)軟件工具，尋找一種特定類(lèi)型的遺傳錯誤，該類(lèi)錯誤一直被癌癥基因組研究所錯過(guò)。我們在關(guān)鍵的癌癥基因中確定了大量的遺傳錯誤。發(fā)現這些事件的能力對于癌癥研究和臨床實(shí)踐是至關(guān)重要的。”
基因組中的突變以各種不同的方式。也許最簡(jiǎn)單的是在基因代碼中一個(gè)單一的“字符”的變化。較復雜類(lèi)型的突變是那些涉及刪除或插入幾個(gè)字符。在新研究的8000例腫瘤病例中，研究者把重點(diǎn)放在插入字符的突變，同時(shí)關(guān)注被刪除的字符。
“我們稱(chēng)這類(lèi)突變?yōu)橐粋€(gè)復雜的變異，因為插入和缺失是發(fā)生在同一時(shí)間，在同一染色體上的位置，”丁說(shuō)。“捕捉到這樣的變異是非常困難的，因為傳統的方法被設計來(lái)捕捉插入或缺失，而不是兩種類(lèi)型在相同的時(shí)間和地點(diǎn)。”
為了尋找復雜的變異，研究者研發(fā)了專(zhuān)門(mén)的計算機軟件，并在他們特意推出的這些復雜的突變基因組序列中驗證其準確性。然后，研究人員查看已被測序的癌癥基因組，發(fā)現了285個(gè)復雜的已知癌癥相關(guān)的基因變異。大約81%的這些復雜變異在首先使用傳統的方法分析時(shí)錯過(guò)。18%的復雜變異被誤作為其他類(lèi)型的突變。
丁強調發(fā)展特殊工具找到這些復雜變異的重要性，作為數據表明，突變利用現有的工具幾乎完全未被發(fā)現和出現在重要的癌基因簇通?？梢詺w因于隨機的機會(huì )。這個(gè)信息是特別有價(jià)值的發(fā)現，當個(gè)突變上的基因已經(jīng)設計了針對其作用的藥物。
特別是，研究人員發(fā)現在表皮生長(cháng)因子受體的基因發(fā)生復雜變異，這與肺癌有關(guān)系。如果突變發(fā)現于這個(gè)基因中，丁和她的同事建議病人可以服用表皮生長(cháng)因子受體抑制劑如厄洛替尼治療，無(wú)論腫瘤的類(lèi)型。研究人員還在KIT上發(fā)現復雜變異，這會(huì )黑色素瘤中發(fā)揮的作用。分析表明，在KIT上發(fā)生復雜突變的患者可以服用藥物如伊馬替尼獲益，舒尼替尼和索拉非尼，針對該基因的突變。
研究人員研發(fā)了一個(gè)新的專(zhuān)門(mén)尋找復雜變異的軟件被稱(chēng)為Pindel-C.該軟件是建立在現有的軟件Pindel之上，軟件Pindel是由遺傳學(xué)助理教授KaiYe博士研究發(fā)表的。兩個(gè)版本的軟件都是免費提供在線(xiàn)下載。
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健客價(jià)： ￥514
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