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The ISME J:CRISPR序列幫助理解噬菌體-宿主相互作用的演變歷史

2015-11-25 來(lái)源:健客網(wǎng)社區  標簽: 掌上醫生 喝茶減肥 一天瘦一斤 安全減肥 cps聯(lián)盟 美容護膚
摘要:微生物和噬菌體之間的相互作用影響著(zhù)生態(tài)系統,然而鑒別噬菌體并且將其同宿主進(jìn)行連接對研究人員從事生態(tài)學(xué)研究而言是一項巨大的挑戰;微生物在地球化學(xué)循環(huán)及環(huán)境演變過(guò)程中扮演者重要的角色,學(xué)習生態(tài)系統更多的多樣性并且理解相關(guān)的活動(dòng)也是目前美國能源部的主要目的。

  近日,一項刊登在國際雜志TheISMEJournal上的研究報告中,來(lái)自美國能源部聯(lián)合基因組研究所的研究人員利用來(lái)自北加州鐵山公司的宏基因組數據庫和專(zhuān)門(mén)的工具,在CRISPRs的幫助下成功地在生態(tài)系統研究中將宿主和噬菌體進(jìn)行了連接。未經(jīng)培養的微生物和其噬菌體之間的相互作用可以影響局部生態(tài)系統以及彼此的功能,而CRISPR序列可以幫助研究人員在宏基因組數據庫中將噬菌體和宿主連接起來(lái),從而對其進(jìn)行更好地分析。

  微生物和噬菌體之間的相互作用影響著(zhù)生態(tài)系統,然而鑒別噬菌體并且將其同宿主進(jìn)行連接對研究人員從事生態(tài)學(xué)研究而言是一項巨大的挑戰;微生物在地球化學(xué)循環(huán)及環(huán)境演變過(guò)程中扮演者重要的角色,學(xué)習生態(tài)系統更多的多樣性并且理解相關(guān)的活動(dòng)也是目前美國能源部的主要目的。

  其中來(lái)自加利福尼亞大學(xué)的一種方法就包括觀(guān)察分析CRISPR位點(diǎn),這種微生物免疫系統關(guān)鍵序列可以保護細菌免于病毒感染,研究者Banfield的研究小組通過(guò)尋找微生物宿主CRISPR的間隔序列,同時(shí)將其同感染性的噬菌體相連接起來(lái);文章中研究人員利用序列數據庫評估了微生物群落中遺傳多樣性和群體歷史的相關(guān)情況。

  本文研究中,研究者依賴(lài)于過(guò)去5年收集的宏基因組數據庫中的數據,同時(shí)他們利用開(kāi)發(fā)的工具分析了數據庫中的CRISPR序列,需要特別指出的是,研究者在數據庫中鑒別出了鉤端螺菌屬細菌的CRISPR的間隔區序列,并且檢測了隨著(zhù)時(shí)間延續這種細菌遇到噬菌體的范圍;同時(shí)研究者還在數據庫中發(fā)現了2個(gè)不同的CRISPR系統,他們指出,對CRISPR位點(diǎn)進(jìn)行群體水平的分析可以幫助深入理解噬菌體-宿主相互作用的動(dòng)力學(xué)關(guān)系,同時(shí)也可以幫助闡明細菌在自然系統中最近的歷史演變。

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