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PLOS子刊:“大數據”助力判定癌癥驅動(dòng)基因!

2015-10-27 來(lái)源:健客網(wǎng)社區  標簽: 掌上醫生 喝茶減肥 一天瘦一斤 安全減肥 cps聯(lián)盟 美容護膚
摘要:在一項由SanfordBurnhamPrebys醫學(xué)發(fā)現研究所(SBP)引導下的協(xié)作研究中,研究人員結合兩個(gè)公開(kāi)的“組學(xué)”數據庫創(chuàng )建一個(gè)新的目錄“癌癥驅動(dòng)者”。

  目前已知超過(guò)100個(gè)新的癌癥驅動(dòng)基因,幫助解釋了怎樣的腫瘤驅動(dòng)造成相同的癌癥基因導致不同的病患!

  在一項由SanfordBurnhamPrebys醫學(xué)發(fā)現研究所(SBP)引導下的協(xié)作研究中,研究人員結合兩個(gè)公開(kāi)的“組學(xué)”數據庫創(chuàng )建一個(gè)新的目錄“癌癥驅動(dòng)者”。當癌癥驅動(dòng)基因的改變造成癌癥的繼續。研究人員通過(guò)改變正常的蛋白質(zhì)相互作用(PPI)的接口,使用癌癥突變和蛋白質(zhì)結構數據庫來(lái)判定患者的腫瘤突變。這項研究發(fā)表在近期的PLos的計算機生物學(xué)版面上,已鑒定超過(guò)100個(gè)新的癌癥驅動(dòng)基因,幫助解釋了怎樣的腫瘤驅動(dòng)造成相同的癌癥基因導致不同的病患。

  “這是第一次將蛋白質(zhì)三維的特性用于識別在大型癌癥基因數據集的癌癥驅動(dòng)基因,如質(zhì)子泵抑制劑,”據文章作者,SBP的博士后研究員愛(ài)德華博士說(shuō),SBP博士后研究員。“我們發(fā)現71年以前未被識別的蛋白質(zhì)作為癌癥驅動(dòng)基因,代表了潛在的新癌癥預測標記和/或藥物靶點(diǎn)。我們的分析同時(shí)也辨認出幾個(gè)已知癌癥基因的驅動(dòng)入口,比如TP53,HRAS,PI3KCA和EGFR,證明我們的方法能找到相關(guān)的癌癥驅動(dòng)基因和改變蛋白接口是一種常見(jiàn)的癌癥發(fā)病機理。”

  癌癥也通常是由于DNA突變的積累造成的。到目前為止,科學(xué)家們致力于找到導致癌癥的個(gè)體基因和細胞的改變途徑。但是,通過(guò)最近國立衛生研究院(NIH)大力推進(jìn)鼓勵數據共享,導致了大規模地分析基因、臨床的分子數據時(shí)代的來(lái)臨,這能更好地解釋和預測患者結果,同時(shí)也能找到新的藥物靶細胞去阻止、治療、甚至治愈癌癥。

  “在這項研究中我們使用了一個(gè)擴展版的電子驅動(dòng),我們專(zhuān)有的計算方法確定癌癥驅動(dòng)因子的蛋白質(zhì)區域。

  我們的綜合腫瘤數據來(lái)自近6000個(gè)病患的癌癥基因組圖,超過(guò)18000個(gè)來(lái)自蛋白質(zhì)資料庫的蛋白質(zhì)三維結構,”SBP的生物信息學(xué)和結構生物學(xué)的的主管亞當博士說(shuō)。“這個(gè)算法分析了PPI接口的改變是否增加了癌癥的突變,同時(shí)因此辨認出那個(gè)是癌癥驅動(dòng)基因的候選者。”

  “基因不是整體的黑盒子。他們有不同的區段來(lái)編碼不同功能的蛋白質(zhì)。當一個(gè)蛋白的特定區域發(fā)生突變時(shí),可能一個(gè)給定的蛋白質(zhì)只充當一個(gè)癌癥驅動(dòng)者。”亞當博士解釋說(shuō)。“我們的方法幫助辨認出新的癌癥驅動(dòng)基因,同時(shí)提供分子假說(shuō)來(lái)解釋腫瘤怎樣由相同的基因驅動(dòng)卻有包括患者特征在內的不同的分級。”

  “有趣的是,我們還辨認出很多包括免疫系統在內的潛在癌癥驅動(dòng)基因。隨著(zhù)免疫系統在癌癥發(fā)展中的重要性的增加,我們在此項研究提供新的視角,對于免疫基因的影響將是最大。“

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