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Nature:Genetech推出細胞系命名改革方案

2015-04-17 來(lái)源:健客網(wǎng)社區  標簽: 掌上醫生 喝茶減肥 一天瘦一斤 安全減肥 cps聯(lián)盟 美容護膚
摘要:歷史上使用的細胞系的名字都由第一個(gè)發(fā)明它的科學(xué)家所貢獻,而直到最近才有一些相關(guān)的科學(xué)命名建議被提出。這些古老的命名方式十分不精練,缺乏科學(xué)性,而且本身的一致性又較差。

  在生物基礎研究中,由于對細胞系的命名缺乏統一的標準,因此造成了細胞系鑒定錯誤,交叉污染以及缺乏注釋等問(wèn)題,最終這些問(wèn)題嚴重影響了科研的產(chǎn)出效率。

  歷史上使用的細胞系的名字都由第一個(gè)發(fā)明它的科學(xué)家所貢獻,而直到最近才有一些相關(guān)的科學(xué)命名建議被提出。這些古老的命名方式十分不精練,缺乏科學(xué)性,而且本身的一致性又較差。比如一種叫做SK-BR3的細胞系,如果用"SK-BR3"作為關(guān)鍵字在NCBIpubmed中進(jìn)行搜索,最多只能找到81篇文章,而如果把中間的連接符去掉,使用"SKBR3"進(jìn)行搜索,則能夠找到645篇文章,這種問(wèn)題比比皆是。

  細胞系命名的不一致還對數據的整合與分析造成了影響,隨著(zhù)近年來(lái)細胞數量與實(shí)驗數量的上升,這一問(wèn)題變得格外明顯。比如,如果比較Sanger數據庫與癌細胞系百科數據庫中的細胞類(lèi)別,可以得到454株相同的細胞系,而在這454株細胞中,有59株(13%)的細胞在兩個(gè)數據庫中的名字是不一致的(像Panc-03-27與Panc23.27等)。這在數據分析過(guò)程中很容易造成重復引用問(wèn)題。

  然而不僅僅是名字,細胞系的其它一些性質(zhì)(比如組織,物種,疾病類(lèi)型以及病理特征等)均存在描述不夠嚴謹的問(wèn)題。比如說(shuō)"adenocarcinoma."根據匯總所有數據庫的資料,總共有80余種細胞系可以被定義為"adenocarcinoma",這說(shuō)明這種描述根本不夠確切。

  為了解決這一問(wèn)題,來(lái)自美國Genetech公司的RichardM.Neve等人開(kāi)發(fā)出一種新的,適用于科研界與商業(yè)界的細胞描述方法。

  簡(jiǎn)單來(lái)說(shuō),作者們首先從各大數據庫(ATCC,DSMZ,JCRB,ECACC)中收集到了初始的細胞系信息(6857株細胞),根據名字的重復與否進(jìn)行去除冗余步驟得到3,587株參考細胞系。之后,作者通過(guò)手動(dòng)的方式將細胞的大小寫(xiě),標點(diǎn)等符號性的區別加以去除,細胞系攜帶的疾病特征描述信息通過(guò)參照國際疾病分類(lèi)數據庫等的標準加以矯正,再此過(guò)程中再一次去除冗余的細胞。在經(jīng)歷上述步驟后,如果還有同一類(lèi)細胞系在不同的數據庫中名稱(chēng)不同的情況,那么久翻閱最初發(fā)現者的相關(guān)文章,以其中對這一細胞的命名為標準。如果原始文獻的標準也不統一,那么就以最簡(jiǎn)單的名稱(chēng)為準。

  經(jīng)過(guò)篩選后的細胞系下一步準備進(jìn)行錄入。錄入時(shí)需要提供四項基本信息:1.獨特的細胞名稱(chēng);2.物種來(lái)源;3.最原始組織來(lái)源;4.組織的病理特征。

  作者們還提出了一個(gè)"C-name"的概念。在最簡(jiǎn)單的情形下,C-name就是細胞系的名稱(chēng)。如果某一類(lèi)新的細胞系同另一類(lèi)細胞系中衍生得到,那么它們擁有同一個(gè)C-name,但是新建立的細胞系還要擁有一個(gè)新的子名稱(chēng)。如果有多種細胞從同一患者的同一組織中衍生得到,它們擁有同一個(gè)C-name,否則需要分別建立各自的C-name。

  另外,為了解決細胞系之間因交叉污染導致來(lái)源不清楚的問(wèn)題,作者優(yōu)化了STR(simpletandemrepeat)以及SNP(singlenucleotidepolymorphism)的方法進(jìn)行細胞系的鑒定。在此不再贅述。

  聯(lián)合上述兩項方法,作者希望能夠為細胞命名的改革提供一個(gè)基本的平臺,讓我們以后的基礎科研更加有序與高效。

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