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兩大組學(xué)巨頭強強聯(lián)手

2018-01-12 來(lái)源:轉化醫學(xué)網(wǎng)  標簽: 掌上醫生 喝茶減肥 一天瘦一斤 安全減肥 cps聯(lián)盟 美容護膚
摘要:它讓生物系統的多層析分析的重點(diǎn)從實(shí)驗室數據獲取轉移到計算領(lǐng)域,讓大型數據集能夠全球共享

   Illumina和ABSciex公司近日聯(lián)手推出OneOmics計劃,其目的是在云計算環(huán)境中結合新一代蛋白質(zhì)組學(xué)(NGP)和新一代測序(NGS)的工具。作為此計劃的一部分,Illumina的應用商店BaseSpace將托管ABSciex的SWATH蛋白質(zhì)組學(xué)云工具,這使得BaseSpace成為基因組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)“大數據”的一站式中心。

 
  SWATH軟件
 
  SWATH采集軟件采用非數據依賴(lài)的采集方法,能夠系統地生成完全的、高特異性的碎片離子全貌圖,通過(guò)使用目標數據分析法可以查詢(xún)任何感興趣的蛋白質(zhì)是否存在,并對其定量。傳統的“鳥(niǎo)槍法”蛋白質(zhì)組學(xué)測定不完整的蛋白質(zhì),故難以重復,而SWATH軟件解決了數據丟失的問(wèn)題,第一次讓重復的蛋白質(zhì)組研究變得可行。
 
  據ABSciex介紹,SWATH軟件能夠一次查看數千個(gè)蛋白質(zhì),而幾乎不需要方法開(kāi)發(fā)。如今有了云端的應用程序,客戶(hù)處理數據的速度可提高50倍。ABSCIEX的總裁RainerBlair表示:“OneOmics計劃將讓組學(xué)研究獲得更好的成果。我們已經(jīng)開(kāi)發(fā)了四個(gè)SWATHapp,來(lái)支持質(zhì)譜數據的處理、分析和查看。”
 
  SWATH4款應用程序
 
  ProteinExpressionExtractor-處理原始的質(zhì)譜數據
 
  ProteinExpressionAssembler-蛋白質(zhì)折疊變化分析
 
  ProteinExpressionBrowser-在生物學(xué)背景下查看結果
 
  ProteinExpressionAnalytics-數據質(zhì)量審核
 
  近年來(lái),NGP和NGS都在不斷產(chǎn)生大量的數據。ABSciex與Illumina這種伙伴關(guān)系能夠安全地存儲、檢索和管理大型的復雜數據集,并在生物學(xué)背景下查看它們,從而解決了生物醫學(xué)研究中的瓶頸。蘇黎世聯(lián)邦理工學(xué)院的RuediAebersold教授評價(jià)道:“利用這個(gè)平臺,研究人員能夠更快更高效地建立可預測、可行動(dòng)的疾病模型。它讓生物系統的多層析分析的重點(diǎn)從實(shí)驗室數據獲取轉移到計算領(lǐng)域,讓大型數據集能夠全球共享。”
 
  Illumina負責企業(yè)發(fā)展的高級副總裁NicholasNaclerio表示:“這些新的蛋白質(zhì)組學(xué)工具為BaseSpace增添了系統生物學(xué)的能力,創(chuàng )建了一個(gè)易于使用的云計算環(huán)境,實(shí)現了快速的數據分析。如今,BaseSpace讓希望從系統水平了解生物學(xué)的任何人都能應用信息學(xué)。”
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