自閉癥類(lèi)障礙兒童腸胃問(wèn)題的原因是多樣的。多重研究揭示出許多自閉癥兒童消化不良，吸收不好，腸內病菌過(guò)度生長(cháng)(真菌，細菌和病毒)，以及異常的腸漏。許多家長(cháng)起先意識不到孩子的自閉癥跟胃腸異常有什么關(guān)聯(lián)。

　　更加不幸的是，許多醫生也還沒(méi)有認識到這種關(guān)聯(lián)。很多家長(cháng)報告他們的孩子有便秘，腹瀉，有時(shí)交替出現，還有abnormalamountofgas,打嗝，大便異味等。臨床活組織切片檢查證明許多自閉癥兒童患有一種自閉癥特有的回腸增生癥狀。許多自閉癥醫生和醫學(xué)研究者認為自閉癥孩子的慢性胃腸問(wèn)題的一個(gè)首要原因是免疫系統損傷。但是這兩個(gè)系統彼此關(guān)聯(lián)太密切，所以幾乎不可能知道究竟哪一個(gè)是因，哪一個(gè)是果。

　　食物不容或者食物過(guò)敏，不能消化酪蛋白和奶蛋白，慢性酵母菌感染等都是免疫系統損傷(無(wú)論先天還是后天)引發(fā)胃腸疾病的征兆。越來(lái)越多的證據支持外部影響對胃腸和免疫問(wèn)題的觸發(fā)作用，這些外部影響包括含有重金屬的疫苗和反復使用的抗生素，他們的殺傷力在本來(lái)就很病弱的孩子身上得到放大，無(wú)論這病弱性是暫時(shí)還是長(cháng)期的，先天的還是后天的。

　　這些復雜情況(胃腸，免疫，感染，營(yíng)養)的相互作用使得孩子的病史和疫苗紀錄很必要，而且家族病史變得尤其重要了。特別是，我們需要明確了解孩子是否有家族自免疫史，過(guò)敏和傳染病史。