許多自閉癥兒童至少首先表現出免疫失調，要么反應過(guò)度，要么反應不夠。一些研究者和醫生已經(jīng)整理出一套理論，當一個(gè)病弱的孩子遭遇環(huán)境侵害時(shí)（例如汞接觸或者接受疫苗中弱化的病毒），孩子的免疫系統的打擊對象不僅是真正的過(guò)敏原而且還包括看起來(lái)像過(guò)敏原的大腦的分子構造。

　　自免疫過(guò)程的一個(gè)秘密是孩子體內有針對中樞神經(jīng)系統蛋白質(zhì)髓磷脂保護蛋白質(zhì)（MBP）的自抗體。一項對比研究把33個(gè)自閉癥孩子跟18個(gè)正常孩子，20個(gè)智力遲緩孩子，12個(gè)唐氏綜合癥孩子做了比較，58%的自閉癥孩子體內發(fā)現抗髓磷脂保護蛋白質(zhì)的自抗體，其他孩子中只有9%的幾率。

　　這是一個(gè)令人振奮的發(fā)現，因為髓鞘形成是人腦發(fā)育的重要組成部分。在髓磷脂像護套一樣把神經(jīng)包圍起來(lái)，神經(jīng)必須依賴(lài)髓磷脂才能有效地傳導能量的脈沖。就像電線(xiàn)的絕緣外層，髓磷脂的脂肪層幫助把電流圍護起來(lái)，從而保持神經(jīng)電信號的完整性。當電線(xiàn)的絕緣遭到破壞或毀壞時(shí)，電流就會(huì )中斷或者短路。當免疫系統共計自身的髓磷脂時(shí)，短路就在大腦里發(fā)生了。神經(jīng)的軸突就停止正常工作。

　　自免疫的研究結果為自閉癥的其他亞型及其成因提供了理論支持。如前所述，含有乙烷汞或者活性病毒的疫苗可能早就造成孩子免疫失調，營(yíng)養狀況失衡，以及體質(zhì)虛弱。另外，越來(lái)越多的臨床數據顯示一些自閉癥孩子患有慢性的，臨床癥狀不明顯的感染癥，而這些感染癥對于孩子的不良特性具有重要的病因學(xué)價(jià)值。