經(jīng)典型和輔因子缺乏引起的PKU病人均有高苯丙氨酸血癥，但有高苯丙氨酸血癥者不一定引起PKU，故PKU應與其他高苯丙氨酸血癥者進(jìn)行鑒別。

　　一過(guò)性高苯丙氨酸血癥雖然引起此癥的病因也是由于PAH有缺陷，但不是由于PAH基因突變，而是PAH未成熟，導致血中苯丙氨酸濃度升高達1.22mmol/L，但隨時(shí)間的推移，血苯丙氨酸濃度可降至正常，通過(guò)隨訪(fǎng)血中苯丙氨酸水平可以鑒別。

　　轉氨酶性高苯丙氨酸血癥是由于苯丙氨酸轉氨酶缺乏所引起。此癥不引起苯丙酮尿癥，一般情況下血中苯丙氨酸水平正常，只是在進(jìn)食高蛋白飲食時(shí)血苯丙氨酸濃度升高，苯丙氨酸代謝產(chǎn)物水平也正常，故與PKU癥不難鑒別。

　　輕型PKU也只有高苯丙氨酸血癥與輔因子引起的PKU的鑒別,可通過(guò)基因診斷和測定血中酪氨酸水平或苯丙氨酸負荷試驗測定苯丙氨酸和酪氨酸的比值進(jìn)行鑒別。