3月29日，學(xué)術(shù)期刊CellResearch在線(xiàn)發(fā)表了中國科學(xué)院上海生命科學(xué)研究院計算生物學(xué)研究所楊力研究組關(guān)于環(huán)形RNA研究的最新進(jìn)展。研究組利用建立的新型計算分析流程（CIRCpseudo），首次揭示哺乳動(dòng)物基因組中蘊含環(huán)形RNA來(lái)源的假基因，其中小鼠circSATB1來(lái)源的假基因序列可以與CTCF結合，提示這種環(huán)形RNA來(lái)源的假基因序列具有調控基因表達的潛能，以全新的視角揭示環(huán)形RNA可以通過(guò)逆轉座插入到基因組中進(jìn)而改變基因組遺傳信息以及調控基因表達的潛能。

　　隨著(zhù)新的測序以及相應計算生物學(xué)分析方法的發(fā)展和應用，反向剪接產(chǎn)生的環(huán)形RNA在許多物種中被大量發(fā)現。楊力研究組與上海生科院生物化學(xué)與細胞生物學(xué)研究所陳玲玲研究組開(kāi)展合作，利用建立的新型計算生物學(xué)手段（CIRCexplorer）在轉錄組大數據中系統發(fā)現特殊反向剪接的發(fā)生，揭示反向剪接發(fā)生的RNA序列基礎及其調控的普遍性規律，全面展示RNA反向剪接成環(huán)的多樣性和復雜性（Zhangetal.，Cell2014）。

　　在最新的這項研究工作中，科研人員建立并利用另一種全新的計算分析流程（CIRCpseudo），在基因組水平上系統發(fā)掘環(huán)形RNA來(lái)源的假基因序列?？蒲腥藛T發(fā)現，在小鼠的基因組中存在至少42個(gè)circRFWD2來(lái)源的假基因序列。更為有意思的是，circSATB1來(lái)源的小鼠假基因序列可以與CTCF/Rad21結合，提示環(huán)形RNA分子在逆轉座插入到基因組中改變基因組遺傳信息的同時(shí)，也進(jìn)一步提供了調控基因表達的新潛能。

　　值得一提的是，在人的基因組中不存在這種circSATB1來(lái)源的假基因序列，因此也不存在該位點(diǎn)的CTCF結合。環(huán)形RNA來(lái)源假基因的發(fā)現，一方面揭示了環(huán)形RNA轉錄本通過(guò)逆轉座改變基因組的遺傳信息，另一方面也提出了更多有待回答的問(wèn)題。比如：是否還有更多的環(huán)形RNA來(lái)源的假基因（在其它物種中）尚未被發(fā)現？環(huán)形RNA逆轉座的分子機制是什么？與線(xiàn)性RNA來(lái)源的假基因有何異同？與線(xiàn)性RNA來(lái)源的假基因相比，環(huán)形RNA來(lái)源的假基因數量相對較少的原因是什么？環(huán)形RNA來(lái)源的假基因是否有表達的潛能？回答這些問(wèn)題需要更多的深入研究。

　　該研究工作由博士研究生董瑞、張曉鷗和馬旭凱在研究員楊力的指導下完成，得到了生化與細胞所研究員陳玲玲及其博士研究生張楊的大力支持。該項研究得到了科技部和基金委的經(jīng)費支持。