(一)治療
1.一般與對癥療法 有高熱劇痛者予以解熱、鎮痛處理。有明顯溶血者，可予輸血。注意休息、飲食。
2.抗病原療法 克林霉素為首選藥物，20mg/(kg·d)，肌內注射7～10天。對早產(chǎn)嬰兒接受輸血而感染微小巴貝蟲(chóng)者，可加用奎寧，25mg/(kg·d)，口服7～10天。對已摘除脾臟的成人患者，可用克林霉素60mg/(kg·d)肌內注射7天。同時(shí)口服奎寧650mg，3次/d連服7天。單用克林霉素肌內注射或與奎寧口服伍用，既能迅速退熱，又能減少原蟲(chóng)血癥，此乃近年來(lái)用于治療微小巴貝蟲(chóng)所致人巴貝蟲(chóng)病的安全有效藥物。硫酸奎寧與氯喹伍用，亦有療效。
(二)預后
輕、中癥者須及時(shí)診治，可獲根治而無(wú)后遺癥。重癥出現溶血、腎衰竭且有脾摘除史者，預后不良。病死率約5%。慢性患者中出現原蟲(chóng)血癥，可持續2年至數年之久。