(一)阿米巴痢疾　起病一般緩慢，少有毒血癥癥狀，里急后重感較輕，大便次數亦較少，腹痛多在右側，典型者糞便呈果醬樣，有腐臭。鏡檢僅見(jiàn)少許白細胞、紅細胞凝集成團，常有夏科-雷登氏結晶體，可找到阿米巴滋養體。乙狀結腸鏡檢查，見(jiàn)粘膜大多正常，有散在潰瘍。本病易并發(fā)肝膿腫。
(二)流行性乙型腦炎　本病表現和流行季節與菌痢(重型或中毒型)相似，后者發(fā)病更急，進(jìn)展迅猛、且易并發(fā)休克，可以溫鹽水灌腸并做鏡檢及細菌培養。此外，本病尚應與沙門(mén)氏菌感染、副溶血弧菌食物中毒、大腸桿菌腹瀉、空腸彎曲菌腸炎、病毒性腸炎等相鑒別。慢性菌痢應與慢性血吸蟲(chóng)病、直腸癌、非特異性潰瘍性結腸炎等鑒別。