本病應與小兒暑溫作鑒別。小兒暑溫亦發(fā)生在夏秋季，也有高熱、抽搐、昏迷，但其高熱不在第一天，并且始終無(wú)膿血便。
1、侵襲性大腸埃希桿菌(EIEC)腸炎 本病發(fā)病季節與病癥極似菌痢，也表現為發(fā)熱、腹瀉、膿血便，也發(fā)現有類(lèi)似中毒型痢疾的表現。鑒別需依據糞便培養，培養結果：痢疾桿菌陰性，發(fā)現有大腸埃希桿菌，再用此大腸埃希桿菌菌液滴入豚鼠眼結膜囊內24h后如發(fā)現豚鼠結膜充血有炎癥反應，即可確診為侵襲性大腸埃希桿菌。
2、空腸彎曲菌腸炎 本病發(fā)病季節與臨床經(jīng)過(guò)也類(lèi)似菌痢。多見(jiàn)于3歲以上小兒。癥狀表現發(fā)熱、腹瀉，先為稀便，以后可表現為膿血便，類(lèi)似痢疾。鑒別需依據糞便培養。采用微需氧43℃培養法，可培養出空腸彎曲菌。
3、沙門(mén)菌腸炎 以小嬰兒多見(jiàn)，糞便多樣化為其特點(diǎn)，開(kāi)始為稀便，以后可表現為黏液、膿血便。易誤診為菌痢。鑒別首先發(fā)病年齡不同，痢疾多見(jiàn)于3歲以上兒童，小嬰少見(jiàn)。準確鑒別需依據糞便培養。