本癥可發(fā)生于任何年齡，但2/3病例發(fā)生在30～50歲，男性多于女性。起病緩慢或亞急性，如新型隱球菌與曲霉菌腦內感染都原發(fā)于上呼吸道(鼻腔)黏膜和肺，經(jīng)血行播散。大多數原發(fā)病變癥狀尚不明顯時(shí)，即出現神經(jīng)系統癥狀。病人一般有低熱，偶有高熱，首發(fā)癥狀多為頭痛，伴惡心、嘔吐，有頸項強直等腦膜刺激癥。病程數周至半年，偶有超過(guò)1年者，少數病例可有緩解和復發(fā)。
根據臨床表現，起病緩慢，病程較長(cháng)伴有腦膜刺激癥、顱內壓增高癥等改變，結合其他輔助檢查，可做出診斷，若腦脊液涂片找到真菌即可確診。

本病的臨床表現和腦脊液檢查與結核性腦膜炎相似，故應反復做腦脊液檢查和涂片，如查到真菌有助于鑒別診斷。