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結節性硬化根據其多系統、多器官受累特點(diǎn)，需與其他累及皮膚、神經(jīng)系統和眼的疾病鑒別，如神經(jīng)纖維瘤病和腦面血管瘤病。在0.8%的新生兒中可發(fā)現色素減退斑，大多數并無(wú)醫學(xué)意義，其他一些疾病如白癜風(fēng)、色素缺失痣部分白斑病及Vogt-Koyanagi-Harade綜合征也可有色素減退斑，需與TSC鑒別。有癲癇表現的患者需與原發(fā)或繼發(fā)性癲癇鑒別。影像學(xué)上需與腦囊蟲(chóng)病鑒別。