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臨床測序重磅成果!300多種腫瘤,“無(wú)與倫比”的突變數據集問(wèn)世

2017-05-10 來(lái)源:生物探索  標簽: 掌上醫生 喝茶減肥 一天瘦一斤 安全減肥 cps聯(lián)盟 美容護膚
摘要:腫瘤分子分析是精準腫瘤醫學(xué)的基本組成部分,它能夠識別基因以及通路中所發(fā)生的變化,這是個(gè)性化醫療的關(guān)鍵。不同組織復發(fā)性突變的存在,加上分子靶向治療組合的擴大,這就需要靈活且綜合性的方法來(lái)分析全癌譜中與臨床相關(guān)的基因。

  5月8日,發(fā)表在NatureMedicine上的一篇癌癥里程碑臨床研究,給腫瘤靶向治療帶來(lái)好消息。紀念斯隆凱特琳癌癥研究中心的研究人員對上萬(wàn)名晚期癌癥患者進(jìn)行了基因測序,匯編了腫瘤的體細胞突變目錄。該目錄包含了300多個(gè)詳細的腫瘤類(lèi)型,也是迄今為止轉移性癌癥患者中最大規模的腫瘤測序成果!

  腫瘤分子分析是精準腫瘤醫學(xué)的基本組成部分,它能夠識別基因以及通路中所發(fā)生的變化,這是個(gè)性化醫療的關(guān)鍵。不同組織復發(fā)性突變的存在,加上分子靶向治療組合的擴大,這就需要靈活且綜合性的方法來(lái)分析全癌譜中與臨床相關(guān)的基因。

  5月8日,NatureMedicine雜志在線(xiàn)發(fā)表了一篇“大作”,科學(xué)家們采用綜合法——MSK-IMPACT開(kāi)展了一個(gè)大規模的、前瞻性的臨床測序項目,收集了10000多名晚期癌癥患者的腫瘤及正常組織DNA序列、病理以及臨床注釋等各方面的數據。使用這些數據,他們確定了臨床相關(guān)的體細胞突變、新的非編碼區突變以及常見(jiàn)腫瘤與罕見(jiàn)腫瘤共享的突變標簽。

  MSK-IMPACT的工作流程

  首先來(lái)看看什么是MSK-IMPACT。這項技術(shù)是科學(xué)家們在紀念斯隆-凱特林癌癥中心開(kāi)發(fā),是一種基于NGSpanel的雜交捕獲技術(shù),可檢測與癌癥相關(guān)的341個(gè)基因中的所有蛋白質(zhì)編碼突變、拷貝數變異、啟動(dòng)子突變以及結構重排。不過(guò)根據最新的發(fā)現,目前這種方法已經(jīng)能夠檢測與癌癥相關(guān)的410個(gè)基因。

  從MSK-IMPACT的工作流程圖我們可以看到,患者首先要簽訂腫瘤與正常序列配對分析的知情同意書(shū),然后研究人員收集患者的血液樣本作為正常DNA的來(lái)源,利用自動(dòng)化的方法來(lái)提取腫瘤和血液樣本的DNA,并使用靶向410個(gè)基因的所有編碼外顯子的雜交探針來(lái)制備文庫,隨后是測序、數據分析。所生成的數據結果加載到自家開(kāi)發(fā)的基因變異數據庫中,并手動(dòng)檢測數據的質(zhì)量和精度?;蚪M變化會(huì )在電子病歷報告中顯示,并被發(fā)送到機構開(kāi)發(fā)的數據庫中,這有利于自動(dòng)化臨床試驗匹配,變異數據還會(huì )自動(dòng)上傳到cBioPortal中進(jìn)行挖掘以及解讀。

  自從該方法在CLIA實(shí)驗室中開(kāi)發(fā)以來(lái),研究人員們已經(jīng)使用它對上萬(wàn)名各類(lèi)實(shí)體腫瘤患者進(jìn)行測序。他們最關(guān)鍵的研究思路就是:利用正常組織與腫瘤組織相匹配,以匯編各個(gè)腫瘤的體細胞突變目錄。從這個(gè)方向努力,研究人員終于生成了一個(gè)無(wú)與倫比的數據集。這個(gè)數據集包含了晚期癌癥患者的癌變組織和正常組織的DNA序列、相關(guān)病理與臨床注釋數據。成熟的臨床治療反應和疾病相關(guān)的注釋結果,使得這個(gè)數據集對確定新的生物標志物以及預測后續治療反應有重要的意義。

  與以往的大規?;蚪M鑒定研究不同,這項研究所涉及的數據全部來(lái)自晚期患者,他們最有可能是分子靶向治療的代表人群。另外,這項研究包含了300多個(gè)詳細的腫瘤類(lèi)型,這有助于人們理解驅動(dòng)突變在所有癌癥中的發(fā)生率,還有助于檢測罕見(jiàn)以及不曾預料到的臨床可行性突變。

  常見(jiàn)腫瘤的復發(fā)性體細胞突變

  研究人員發(fā)現,在MSK-IMPACT研究隊列中,突變頻率最高的基因是TP53。TP53基因突變最常發(fā)生在高級別漿液性卵巢癌患者中(98%),其次是發(fā)生在食管腺癌(89%)和小細胞肺癌(85%)中??傊?,在62種主要的腫瘤中,有43種發(fā)生TP53突變的概率大于10%。

  KPAS基因突變是第二個(gè)最常見(jiàn)的突變(15%)。KPAS基因突變在胰腺癌中最為常見(jiàn)(90%),其次是在結直腸癌中(44%。)。KPAS基因在所有腫瘤測序中密碼子突變最為頻繁,其次到PIK3CAH1047、PIK3CAE545和BRAFV600,它們至少在20個(gè)主要腫瘤類(lèi)型中發(fā)生突變。

  此外,研究人員們還分析了TERT突變、激酶的融合與重排、突變標簽和體細胞超變以及臨床可行性和效用性。

  他們表明,企業(yè)規模的腫瘤測序是可行的,以及利用綜合的癌癥panel來(lái)匹配血液樣本也是可行的。通過(guò)這種方式,他們生成了一個(gè)廣闊的數據集,包含了10945個(gè)腫瘤的突變、拷貝數變異以及基因組重排。

  研究人員表示,雖然這項研究邁出了評估大規模前瞻性腫瘤測序的臨床影響的第一步,但仍需要更多的研究來(lái)評估癌癥基因組學(xué)對患者預后的長(cháng)期影響。這些研究需要詳細的縱向隨訪(fǎng)。此外,腫瘤測序的數據共享十分重要,只有共享才能發(fā)揮數據集的巨大潛力。

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